南京英瀚斯生物科技(图)-pcr引物设计-pcr
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南京英瀚斯生物科技有限公司

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地址:江苏省南京市栖霞区和燕路371号东南大学国家大学科技园科创楼A301

主营:组织病理,细胞生物,分子生物学平台,动物模型科研外包服务

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  全转录组测序    

全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下所有转录产物的总和,包括mRNA和各种noncoding RNA。我们知道生物体本身的转录过程是一个动态变化且十分复杂的分子作用网络,如果只是对某个单一RNA分子的研究,有时并不能准确的发现分子作用机制。而竞争性内源RNA(ceRNA)理论阐述了一种全新的转录调控模式:ceRNA(包括lncRNA、circRNA、mRNA、假基因等)分子能够通过miRNA应答元件(microRNA Respe Element, MRE)竞争性地结合相同的miRNA来调节彼此的表达水平。举个例子:miRNA会导致基因沉默现象发生,而如果lncRNA竞争性结合了miRNA,从而影响了miRNA基因沉默功能实现。

      ceRNA是目前转录调控领域的热点内容之一,通过全转录组研究能够系统性的阐述ceRNA的分子作用机制。目前对全转录组简便的方法就是构建2个测序文库分别进行测序。标准的生物信息学分析能够得到mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA各自的研究内容,靶向调控网络、ceRNA网络、共表达网络分析可以将这几种RNA联合起来分析,从而发现新的调控网络模型。去除rRNA的链特异性文库,含有的RNA信息含量十分丰富,通过测序和生物信息学分析能够得到mRNA、lncRNA、circRNA的鉴定及注释信息。不过该文库构建时会进行片段化选择从而滤掉了small RNA的信息,所以需要另外再构建一个small RNA文库,进行测序分析后可以得到miRNA和其他small RNA的鉴定及注释信息。全转录组测序方案路线图如下所示:










蛋白质定量组学服务

细胞内蛋白质组丰度的动态变化对不同生命过程有重要影响。例如在许多疾病的发生和发展进程中,常常伴随着某些蛋白质的表达异常。目前定量蛋白质组学技术主要分为标记(label)策略和非标记的(label free)定量策略,其中标记策略又分为体内标记(如 SILAC、15N 标记),以及体外标记(如 iTRAQ、TMT 标记) 。

传统的基于2D双向凝胶电泳分离的蛋白质组通常可以鉴定出约1000种蛋白,对全蛋白质组的覆盖仅在5~10%左右,不能满足高通量定量蛋白质表达谱分析的要求。我们结合样品制备与高分辨率、高灵敏度的液相色谱-质谱联用技术,可在细胞与组织类样品中鉴定直至多于10000个蛋白,对全蛋白质组的覆盖>60%。结合生物信息学分析,为您构建高通量蛋白质定量表达谱。








7.如何检测引物的纯度?

答:实验室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的16%的聚酰胺凝胶进行电泳。取0.2-0.5OD的引物,用尿素饱和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到饱和,上样前加热变性(95℃,2mins)。加入尿素的目的一是变性,二是增加样品比重,容易加样。600V电压进行电泳,一定时间后(约2-3小时),剥胶,用荧光TLC板在紫外灯下检测带型,在主带之下没有杂带,说明纯度是好的。如果条件许可,也可以用EB 染色或银染方式染色。

而有的厂家提供Maldi-TOF质谱QC质量控制,从而保障了合成的准确率:

Bioneer使用多重Maldi-TOF质谱仪进行全自动装载及监测。 每份样品的质谱分析数据将自动插入到寡核苷酸的信息单中。Bioneer是世界上仅有的几个对生产的每份核苷酸 (单个寡核苷酸和高通量和成) 都用MALDI-TOF质谱仪检测进行核苷酸QC检测的厂商,而且免费提供质谱数据。

8.如何计算引物的浓度?

答:引物保存在高浓度的状况下比较稳定。引物一般配制成10-50pmol/ul。 一般情况下,建议将引物的浓度配制成50pmol/ul,加水的体积(微升)按下列方式计算:V (微升)= OD数*(乘)33 *(乘)*(乘)20000 / (除) 引物的分子量。引物的分子量可以从合成报告单上获得。如果需要配制成其他浓度,按上述公式换算。

注意:1 OD260= 33 ug/ml.




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